Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
— | logiciel:internet:openclinica:start [2022/11/08 19:28] (Version actuelle) – créée admin | ||
---|---|---|---|
Ligne 1: | Ligne 1: | ||
+ | {{tag> | ||
+ | ====== Open clinica ====== | ||
+ | |||
+ | La recherche open-source | ||
+ | |||
+ | Voici comment se procurer, installer et configurer OpenClinica et ses dépendances logicielles. | ||
+ | |||
+ | ===== Pré-requis ===== | ||
+ | |||
+ | * Avoir installé les paquets **[[apt> | ||
+ | |||
+ | ==== Installez Java JDK (Java Development Kit) ==== | ||
+ | |||
+ | OpenClinica est écrit en Java. | ||
+ | |||
+ | <WRAP center round important 60%> | ||
+ | Dans tout ce qui suit, remplacez **v** ou **v.x.y** par la version | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | installez le paquet **[[apt> | ||
+ | |||
+ | ou en ligne de commande ( en vous aidant de l’auto-complétion par la touche < | ||
+ | * < | ||
+ | sudo apt-get upgrade | ||
+ | sudo apt-get install openjdk-v-jdk</ | ||
+ | |||
+ | Pour retrouver l' | ||
+ | * < | ||
+ | |||
+ | {{logiciel: | ||
+ | |||
+ | Créez un lien symbolique vers l' | ||
+ | * < | ||
+ | |||
+ | <WRAP center round tip 60%> | ||
+ | Vous pouvez vérifier par : | ||
+ | * < | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | <WRAP center round box 60%> | ||
+ | Vous pouvez aussi télécharger le jdk (version 6) sur le site de OpenClinica : | ||
+ | |||
+ | Allez au répertoire **/ | ||
+ | * < | ||
+ | |||
+ | Puis téléchargez jdk : | ||
+ | * systèmes d' | ||
+ | * systèmes d' | ||
+ | |||
+ | Installez Java en exécutant : | ||
+ | * < | ||
+ | sudo ./ | ||
+ | |||
+ | Une fois les fichiers extraits, le système affiche << Appuyez sur Entrée pour continuer ... >>. Appuyez sur < | ||
+ | |||
+ | Une fenêtre de navigateur s' | ||
+ | |||
+ | Installez Java en exécutant : | ||
+ | * < | ||
+ | sudo ln -s / | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | Java est maintenant installé au bon endroit. | ||
+ | |||
+ | ==== Installez Tomcat (Apache Tomcat Servlet Container) ==== | ||
+ | |||
+ | Voir la page [[fr: | ||
+ | |||
+ | <WRAP center round tip 60%> | ||
+ | Vous pouvez aussi télécharger Tomcat sur le site de OpenClinica : | ||
+ | |||
+ | Allez au répertoire **/ | ||
+ | * < | ||
+ | |||
+ | Puis téléchargez tomcat : | ||
+ | * < | ||
+ | |||
+ | Déplacez les applications Web fournies avec Tomcat et qui sont inutiles pour OpenClinica vers un autre emplacement : | ||
+ | * < | ||
+ | sudo mv / | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | ==== Installez la base de données PostgreSQL et de l' | ||
+ | |||
+ | Voir [[logiciel: | ||
+ | |||
+ | <WRAP center round tip 60%> | ||
+ | Vous pouvez aussi télécharger PostgreSQL sur le site de OpenClinica. | ||
+ | |||
+ | Allez au répertoire **/ | ||
+ | * < | ||
+ | |||
+ | Téléchargez PostgreSQL : | ||
+ | * systèmes d' | ||
+ | * systèmes d' | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | ===== Installation (Linux) ===== | ||
+ | |||
+ | Voir : [[https:// | ||
+ | |||
+ | Téléchargez les fichiers d' | ||
+ | |||
+ | Vous pouvez télécharger une copie des installateurs pour Java, Tomcat et PostgreSQL sur le site OpenClinica. | ||
+ | |||
+ | <WRAP center round tip 60%> | ||
+ | Dans les instructions, | ||
+ | |||
+ | Il y a des éditions 32 bits et 64 bits. Pour déterminer si votre système est en 32 bits ou 64-bit, exécutez dans votre terminal : | ||
+ | * < | ||
+ | |||
+ | L' | ||
+ | * **i386** ou **i686** -> 32 bits | ||
+ | * **x86_64** -> 64 bits. | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | Créez un répertoire de travail sur un disque (**/ | ||
+ | * < | ||
+ | cd / | ||
+ | |||
+ | ==== Installation de OpenClinica ==== | ||
+ | |||
+ | Téléchargez le logiciel OpenClinica sur le site [[https:// | ||
+ | |||
+ | <WRAP center round tip 60%> | ||
+ | Pour télécharger OpenClinica, | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | Après avoir téléchargé OpenClinica, | ||
+ | * < | ||
+ | |||
+ | ===== Configuration ===== | ||
+ | |||
+ | ==== Configuration de Java ==== | ||
+ | |||
+ | Renseigner la variable **JAVA_HOME** : | ||
+ | * < | ||
+ | |||
+ | Pour rendre cela permanent, [[tutoriel: | ||
+ | <code - ~/ | ||
+ | ... | ||
+ | export JAVA_HOME='/ | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | ==== Configuration de phpPgAdmin ==== | ||
+ | |||
+ | Voir [[logiciel: | ||
+ | |||
+ | ==== Configuration de lighttpd ==== | ||
+ | |||
+ | Dans le fichier / | ||
+ | |||
+ | Lancez la commande : | ||
+ | * < | ||
+ | |||
+ | et vérifier que les modules **fastcgi** et **cgi** sont activés. Sinon, activer ceux qui manquent. | ||
+ | |||
+ | Redémarrez le serveur : | ||
+ | * < | ||
+ | |||
+ | === Connexion à tomcat depuis lighttpd === | ||
+ | |||
+ | Nous allons utiliser mod_proxy pour nous connecter à Tomcat. | ||
+ | |||
+ | Lighty, jre et apache-tomcat sont en place. | ||
+ | |||
+ | Avant tout, configurez JAVA_HOME et ajoutez JAVA_HOME/ | ||
+ | <code - / | ||
+ | JAVA_HOME="/ | ||
+ | export JAVA_HOME | ||
+ | PATH=$JAVA_HOME/ | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | Pour que cette modification prenne effet, déconnectez-vous et reconnectez-vous. Vérifiez que JAVA_HOME est définie : | ||
+ | * < | ||
+ | |||
+ | / | ||
+ | |||
+ | Essayez de démarrer Tomcat (inutile de régler CATALINA_HOME parce que Tomcat le trouve tout seul : | ||
+ | * < | ||
+ | |||
+ | < | ||
+ | Using CATALINA_HOME: | ||
+ | Using CATALINA_TMPDIR: | ||
+ | Using JRE_HOME: | ||
+ | |||
+ | Essayez de vous connecter au serveur sur le port 8080 -> vous devriez voir la page par défaut de Tomcat. | ||
+ | |||
+ | Maintenant, ajoutez un utilisateur à **$CATALINA_HOME/ | ||
+ | |||
+ | <code - $CATALINA_HOME/ | ||
+ | <role rolename=" | ||
+ | <user username=" | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | Redémarrez Tomcat pour que les modifications prennent effet : | ||
+ | * < | ||
+ | sudo / | ||
+ | |||
+ | Tomcat est prêt ; il est temps de configurer lighttpd. Ouvrez **/ | ||
+ | |||
+ | server.modules | ||
+ | # " | ||
+ | # " | ||
+ | # " | ||
+ | " | ||
+ | # " | ||
+ | # " | ||
+ | # " | ||
+ | # " | ||
+ | # " | ||
+ | # " | ||
+ | " | ||
+ | # " | ||
+ | # " | ||
+ | # " | ||
+ | # " | ||
+ | # " | ||
+ | # " | ||
+ | # " | ||
+ | # " | ||
+ | # " | ||
+ | # " | ||
+ | " | ||
+ | |||
+ | Ajouter à la fin du fichier de configuration ce qui suit, en adaptant : | ||
+ | |||
+ | $HTTP[" | ||
+ | proxy.server = ( | ||
+ | "" | ||
+ | " | ||
+ | " | ||
+ | " | ||
+ | " | ||
+ | ) | ||
+ | ) | ||
+ | ) | ||
+ | } | ||
+ | |||
+ | Remplacez l' | ||
+ | |||
+ | Cette directive proxy connecte lighttpd | ||
+ | |||
+ | Lancez lighttpd et essayez ! | ||
+ | * < | ||
+ | |||
+ | ==== Configuration de la base de données pour OpenClinica ==== | ||
+ | |||
+ | === Graphiquement, | ||
+ | |||
+ | Ouvrez la page de **phppgadmin** : [[http:// | ||
+ | |||
+ | {{logiciel: | ||
+ | |||
+ | Choisissez la langue (français) | ||
+ | |||
+ | Dans la colonne de gauche, cliquez sur **PostgreSQL**. Il apparaît un formulaire de connexion : | ||
+ | |||
+ | {{logiciel: | ||
+ | |||
+ | Connectez-vous avec le rôle pgadmin créé plus haut. | ||
+ | |||
+ | {{logiciel: | ||
+ | |||
+ | Nous allons créer un nouveau compte d' | ||
+ | |||
+ | Cliquez sur le bouton < | ||
+ | |||
+ | {{logiciel: | ||
+ | * Nom : **clinica** | ||
+ | * donner un mot de passe en le confirmant | ||
+ | * cochez | ||
+ | * **Super utilisateur** | ||
+ | * et **Peut se connecter** | ||
+ | * Ne cochez pas : | ||
+ | * Créer base de données | ||
+ | * Peut créer un rôle | ||
+ | * Hérite des droits | ||
+ | * Ignorez les autres options | ||
+ | * Cliquez sur < | ||
+ | * Cliquez sur **Déconnexion** en haut à droite de la page | ||
+ | |||
+ | Déconnectez-vous (en haut à droite de la page) et reconnectez-vous (en cliquant à gauche sur **PostgreSQL**) sous l' | ||
+ | |||
+ | Cliquez sur le bouton < | ||
+ | |||
+ | {{logiciel: | ||
+ | * Nom : **openclinica** | ||
+ | * Codage : **UTF8** | ||
+ | |||
+ | Cliquez sur le bouton < | ||
+ | |||
+ | {{logiciel: | ||
+ | |||
+ | === En ligne de commande === | ||
+ | |||
+ | On utilise **psql** sous postgres (n' | ||
+ | * < | ||
+ | |||
+ | Exécutez les commandes suivantes pour créer l' | ||
+ | * < | ||
+ | create database openclinica with encoding=' | ||
+ | |||
+ | {{logiciel: | ||
+ | |||
+ | {{logiciel: | ||
+ | |||
+ | Et quittez psql : | ||
+ | * < | ||
+ | |||
+ | <WRAP center round tip 60%> | ||
+ | Pour modifier plus tard le mot de passe du rôle **clinica** : | ||
+ | * < | ||
+ | |||
+ | puis : | ||
+ | * < | ||
+ | \q</ | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | ==== Déploiement d' | ||
+ | |||
+ | Allez dans le répertoire webapps de tomcat et copiez-y le fichier .war d' | ||
+ | * < | ||
+ | sudo cp / | ||
+ | |||
+ | Tomcat déploie automatiquement le fichier .war d' | ||
+ | |||
+ | ===== Utilisation ===== | ||
+ | |||
+ | Lancez l' | ||
+ | < | ||
+ | |||
+ | ===== Désinstallation ===== | ||
+ | |||
+ | Pour supprimer cette application, | ||
+ | |||
+ | ===== Voir aussi ===== | ||
+ | |||
+ | * **(en)** [[https:// | ||
+ | * **(en)** [[https:// | ||
+ | |||
+ | <WRAP center round tip 60%> | ||
+ | Essais FNF : [[logiciel: | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | ---- | ||
+ | // | ||
+ | |||
+ | //Basé sur [[http:// | ||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | ===== - Réglez Tomcat pour démarrer ===== | ||
+ | |||
+ | Vous pouvez configurer Tomcat pour qu'il démarre automatiquement lorsque vous démarrez votre système. | ||
+ | |||
+ | Pour que Tomcat démarre automatiquement au démarrage du système, exécutez la commande suivante (cas de RedHat) : | ||
+ | * < | ||
+ | cd /etc/init.d | ||
+ | sudo chmod a+x / | ||
+ | |||
+ | Ajoutez ce script au démarrage : | ||
+ | * < | ||
+ | |||
+ | <WRAP center round tip 60%> | ||
+ | pour le retirer : | ||
+ | * le retirer de /etc/init.d | ||
+ | * < | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | Pour arrêter et démarrer Tomcat manuellement : | ||
+ | * pour arrêter< | ||
+ | * pour démarrer< | ||
+ | |||
+ | ===== - Configurez OpenClinica pour une performance optimale ===== | ||
+ | |||
+ | Modifiez init.d/ | ||
+ | * < | ||
+ | |||
+ | ; XX: | ||
+ | : n = nombre de cœurs de votre processeur (< 8). | ||
+ | |||
+ | Le nombre de coeurs peut être déterminé en utilisant la commande **top** | ||
+ | |||
+ | <WRAP center round tip 60%> | ||
+ | Notez qu'il faut au minimum 1280 Mo de RAM avec ces paramètres. La quantité de mémoire disponible peut être déterminée à l'aide de la commande < | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | La valeur de MaxPermSize dépend du nombre de fichiers war que vous déployez. Le fichier war web nécessite PermGen=180m ; le war ws nécessite PermGen=90m. | ||
+ | |||
+ | Pour que les paramètres prennent effet, redémarrez le serveur Tomcat. | ||
+ | |||
+ | ==== - Configurez l' | ||
+ | |||
+ | Si vous avez suivi toutes les instructions précédentes, | ||
+ | |||
+ | Il ya d' | ||
+ | |||
+ | [[tutoriel: | ||
+ | |||
+ | Vous devez modifier la valeur de **dbPass** pour le mot de passe que vous avez sélectionné à la configuration de la base de données PostgreSQL. Modifiez les valeurs pour les autres propriétés, | ||
+ | |||
+ | Mettre à jour le paramètre **filePath** | ||
+ | |||
+ | Exécutez les commandes suivantes : | ||
+ | * < | ||
+ | sudo chown -R tomcat / | ||
+ | |||
+ | Vous pouvez aussi configurer OpenClinica pour l' | ||
+ | |||
+ | Si vous avez besoin d' | ||
+ | |||
+ | Pour plus d' | ||
+ | |||
+ | ===== - Description des datainfo.properties fichier ===== | ||
+ | |||
+ | Le fichier **datainfo.properties** ressemble à ce qui suit. | ||
+ | |||
+ | Chaque groupe de propriétés est numérotée et précédée par des lignes de commentaire décrivant le groupe de propriétés. | ||
+ | |||
+ | <code - datainfo.properties> | ||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # 1 - Database Configuration | ||
+ | # | ||
+ | # Database configuration is done with the following 6 properties | ||
+ | # The dbType options are either postgres or oracle. | ||
+ | # Enter the user name and password to access the database in | ||
+ | # dbUser and dbPass. | ||
+ | # The db field is for the name of the database and provide the port | ||
+ | # in dbPort. | ||
+ | # dbHost can be a URL, IP address or localhost | ||
+ | # | ||
+ | # REQUIRED | ||
+ | ############################################################################# | ||
+ | dbType=postgres | ||
+ | dbUser=clinica | ||
+ | dbPass=clinica | ||
+ | db=${WEBAPP.lower} | ||
+ | dbPort=5432 | ||
+ | dbHost=localhost | ||
+ | |||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # 2 - filePath | ||
+ | # | ||
+ | # File Path is the string which declares the | ||
+ | # repository for all uploaded and generated | ||
+ | # files in the system, including CRFs and | ||
+ | # data sets. The directory should NOT be | ||
+ | # accessible by the web server. | ||
+ | # | ||
+ | # REQUIRED. | ||
+ | ############################################################################# | ||
+ | filePath=${catalina.home}/ | ||
+ | |||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # 3 - Attached File Location | ||
+ | # Location for files if item data type is " | ||
+ | # " | ||
+ | # This will be a sub folder within the filePath location only. | ||
+ | # You may configure a full path that points to a directory outside of the filePath. | ||
+ | # If you configure a full path, it must have a trailing slash. | ||
+ | # Example = / | ||
+ | # | ||
+ | # NOT REQUIRED | ||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # attached_file_location= | ||
+ | |||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # 4 - user_account_notification | ||
+ | # | ||
+ | # User Account Notification is the method by | ||
+ | # which new users are sent their passwords. | ||
+ | # Users can be sent passwords via email, | ||
+ | # or the password can be displayed on the screen | ||
+ | # to the administrator, | ||
+ | # write it down and physically give it to the user | ||
+ | # in question. | ||
+ | # | ||
+ | # REQUIRED. | ||
+ | ############################################################################# | ||
+ | userAccountNotification=email | ||
+ | |||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # 5 - adminEmail | ||
+ | # | ||
+ | # The Admin Email is the field to set the administrator' | ||
+ | # email for a given server. It is also used for | ||
+ | # replies to the email messages sent by the system. | ||
+ | # | ||
+ | # REQUIRED | ||
+ | ############################################################################# | ||
+ | adminEmail=admin@example.com | ||
+ | |||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # 6- Spring Based Email System | ||
+ | # | ||
+ | # Configure the Email SMTP host below. If the host | ||
+ | # requires a username and password make sure | ||
+ | # mail.smtp(s).auth is set to true. | ||
+ | # Configure mail protocol via mail.protocol, | ||
+ | # would be smtp or smtps. | ||
+ | # Configure smtp over ttls by setting mail.smtp(s).starttls.enable | ||
+ | # to true. | ||
+ | # Configure connection timeout. Preconfigred to 5 secs | ||
+ | ############################################################################# | ||
+ | mailHost=mail.smtp.com | ||
+ | mailPort=25 | ||
+ | mailProtocol=smtp | ||
+ | mailUsername= | ||
+ | mailPassword= | ||
+ | mailSmtpAuth=false | ||
+ | mailSmtpStarttls.enable=false | ||
+ | mailSmtpsAuth=false | ||
+ | mailSmtpsStarttls.enable=false | ||
+ | mailSmtpConnectionTimeout=100 | ||
+ | mailErrorMsg=developers@openclinica.org | ||
+ | |||
+ | ############################################################################## | ||
+ | # | ||
+ | # This property will be removed starting from 3.1.3 | ||
+ | |||
+ | # | ||
+ | # 7 - passwd_expiration | ||
+ | # | ||
+ | # Passwd Expiration Time is the number of | ||
+ | # days that can elapse before a user is notified that | ||
+ | # they should change their password. | ||
+ | # | ||
+ | # REQUIRED. | ||
+ | ############################################################################# | ||
+ | passwdExpirationTime=360 | ||
+ | |||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # 8 - sysURL | ||
+ | # | ||
+ | # The web address for the system. | ||
+ | # address (demo.openclinica.org) or an internal IP | ||
+ | # address (192.168.2.000). | ||
+ | # NOTE: If you reconfigure the address or port in some later | ||
+ | # step, such as by configuring SSL, you will need to come back | ||
+ | # and update this file. You will also need to restart tomcat | ||
+ | # for changes to this take effect. | ||
+ | # | ||
+ | # REQUIRED | ||
+ | ############################################################################# | ||
+ | sysURL=http:// | ||
+ | |||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # 9 - max_inactive_interval | ||
+ | # | ||
+ | # This is maximum time interval between client requests. That is, | ||
+ | # if users leave any page open without sending a request to the | ||
+ | # server, after this time interval, when users attempt sending | ||
+ | # request they will be directed to login page. | ||
+ | # | ||
+ | # REQUIRED | ||
+ | ############################################################################# | ||
+ | maxInactiveInterval=3600 | ||
+ | |||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # | ||
+ | # This property will be removed starting from 3.1.3 | ||
+ | |||
+ | # 10- change_passwd_required | ||
+ | # Change Passwd Required is a flag which will force users to change | ||
+ | # their password when they log on for the first time or when their | ||
+ | # time expires. 1 is for required, 0 is for not required. | ||
+ | # | ||
+ | # REQUIRED. | ||
+ | ############################################################################# | ||
+ | change_passwd_required=1 | ||
+ | |||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # 11 - Logging configuration | ||
+ | |||
+ | # SysLog support has been fully implemented in OpenClinica, | ||
+ | # Every piece of code that could send information to the syslog server has not been reviewed | ||
+ | # and cleaned to ensure it is entirely readable and useful. | ||
+ | # and resolved in a future release. | ||
+ | # | ||
+ | # Specify the log location - local/ | ||
+ | # | ||
+ | log.dir=${catalina.home}/ | ||
+ | logLocation = local | ||
+ | # | ||
+ | # Specify logging level - trace/ | ||
+ | logLevel = info | ||
+ | syslog.host = localhost | ||
+ | syslog.port = 514 | ||
+ | |||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # 12- News/About | ||
+ | # On the OpenClinica login screen, there will be a box to the right of the login section | ||
+ | # which can contain an RSS feed. You can configure what RSS feed is used in the rss.rl field. | ||
+ | # If you do not want the RSS feed, please comment out rss.url and rss.more and uncomment | ||
+ | # about.text1 and about.text2. | ||
+ | # you want to appear on the OpenClinica login page. | ||
+ | # the default feed is http:// | ||
+ | # default value for rss.more http:// | ||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # rssUrl=http:// | ||
+ | # rssMore=http:// | ||
+ | # about.text1= Hello World 1 | ||
+ | # about.text2= Hello World 2 | ||
+ | |||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # 13 - CRF File Upload Configuration | ||
+ | # crf.file.extensionSettings can have 3 values valid, | ||
+ | # if crf.file.extensionSetting= valid , then extensions specified can be uploaded. | ||
+ | # if crf.file.extensionSetting= invalid , then extensions specified can NOT be uploaded. | ||
+ | # if crf.file.extensions is left empty and crf.file.extensionSettings=valid then all extensions are valid | ||
+ | # if crf.file.extensions is left empty and crf.file.extensionSettings=invalid then all extensions are NOT valid | ||
+ | # separate extensions with a comma and do not include the leading dot. | ||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # crfFileExtensions= | ||
+ | # crfFileExtensionSettings= | ||
+ | |||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # 14 - supportURL | ||
+ | # | ||
+ | # The Support URL is included in the support button that appears | ||
+ | # in the top right corner of all pages in OPenClinica. By including | ||
+ | # the URL here we will be able to configure it depending on the adopter | ||
+ | # | ||
+ | # REQUIRED | ||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # supportURL=https:// | ||
+ | |||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # 15- Quartz Scheduler Configuration | ||
+ | # | ||
+ | # Configure the mis-fire threshold for the scheduler, | ||
+ | # and the number of extract jobs can run at a single time. | ||
+ | # | ||
+ | # REQUIRED | ||
+ | ############################################################################# | ||
+ | org.quartz.jobStore.misfireThreshold=18000000 | ||
+ | org.quartz.threadPool.threadCount=1 | ||
+ | org.quartz.threadPool.threadPriority=5 | ||
+ | |||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # 16 - CCTS configuration | ||
+ | # | ||
+ | # This is used for OpenClinica instances that have been modified and configured | ||
+ | # to work with the Cancer Clinical Trials Suites. | ||
+ | # The configuration determines how long OpenClinica will hold a transaction from C3PR | ||
+ | # and will wait for a roll back message before committing it to the database. | ||
+ | # | ||
+ | # NOT REQUIRED | ||
+ | ############################################################################# | ||
+ | ccts.waitBeforeCommit=6000 | ||
+ | |||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # 17 - Facility information | ||
+ | # | ||
+ | # The OpenClinica defaults will be used when creating a new study | ||
+ | # unless you uncomment each property and provide a value next to | ||
+ | # each = sign. | ||
+ | # | ||
+ | # NOT REQUIRED | ||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # FacName= | ||
+ | # FacCity= | ||
+ | # FacState= | ||
+ | # FacZIP= | ||
+ | # FacCountry= | ||
+ | # FacContactName= | ||
+ | # FacContactDegree= | ||
+ | # FacContactPhone= | ||
+ | # FacContactEmail= | ||
+ | |||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # 18 - export data file path | ||
+ | # | ||
+ | # Export Data File Path is the string which (optionally) | ||
+ | # declares a specific file path for file extracts to be | ||
+ | # saved. | ||
+ | # Note that if it is set, files from Jobs only will be saved | ||
+ | # to two places: this directory and under the above file path | ||
+ | # declared in the ' | ||
+ | # | ||
+ | # NOT REQUIRED. | ||
+ | # one file/files only, in the directory structure under ' | ||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # exportFilePath=scheduled_data_export | ||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # 19 - Usage statistics configuration | ||
+ | # Usage statistics refers to information automatically sent back to OpenClinica.org | ||
+ | # to help us figure out how well OpenClinica is working and help us improve it in | ||
+ | # future versions. | ||
+ | # This includes technical information such as the version of OpenClinica installed, the number of studies created and user load. These statistics DO NOT include information such as study or CRF names, study data, or user information. We collect this data in aggregate and use it according to our Privacy Policy [https:// | ||
+ | # | ||
+ | # As part of system configuration, | ||
+ | # ' | ||
+ | collectStats=true | ||
+ | usage.stats.host=usage.openclinica.com | ||
+ | usage.stats.port=514 | ||
+ | OpenClinica_version=${version} | ||
+ | |||
+ | ############################################################################# | ||
+ | # 20 - Rule Designer configuration | ||
+ | # OpenClinica Enterprise customers are allowed access to a GUI based Rule Designer. | ||
+ | # This configuration allows the OpenClinica instance to contact the Rule Designer for | ||
+ | # access. | ||
+ | # to a landing page and will have to navigate back to their OpenClinica instance. | ||
+ | # If you do not want to see a link to the Rule Designer on the Build Study page, | ||
+ | # you must delete this configuration option. | ||
+ | # | ||
+ | # To become an OpenClinica Enterprise customer, please contact sales@openclinica.com | ||
+ | ############################################################################# | ||
+ | |||
+ | designerURL=https:// | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | ===== - Vérifier l' | ||
+ | |||
+ | À ce stade, Java, Tomcat, PostgreSQL et OpenClinica sont installés et mis en place. | ||
+ | |||
+ | Redémarrez le système en exécutant: | ||
+ | * < | ||
+ | |||
+ | Après le démarrage du système, accédez à OpenClinica à l' | ||
+ | |||
+ | La page de connexion doit s' | ||
+ | |||
+ | Pour vérifier votre configuration, | ||
+ | |||
+ | ===== - Configurez Tomcat pour utiliser HTTPS ===== | ||
+ | |||
+ | OpenClinica recommande vivement la sécurisation du serveur Tomcat en utilisant un protocole SSL. pour établir des connexions sécurisées %%https:// | ||
+ | |||
+ | ===== - Vérification de l' | ||
+ | |||
+ | Connectez-vous à OpenClinica avec le nom d' | ||
+ | |||
+ | OpenClinica vous oblige à changer le mot de passe pour l' | ||
+ | |||
+ | Par défaut, l' | ||
+ | |||
+ | Créez un compte d' | ||
+ | * type d' | ||
+ | * rôle de l' |