====== Open clinica sur Raspberry pi ======

===== Installation =====

==== Caractéristiques de la machine ====

  * 768 Mo de RAM minimum (1 Go ou plus recommandé)
  * 4 Go de disque minimum (16 Go recommandés)

==== Installez le serveur ====

Installez :
  * le serveur Tomcat
  * le serveur PostgreSQL

Installation des paquetages :
* <code>sudo apt-get update
sudo apt-get dist-upgrade
sudo apt-get install postgresql tomcatv tomcatv-admin pwgen libpg-java openjdk-v-jdk</code>

<WRAP center round important 60%>
remplacez **v** par le numéro de version (s'aider de l'auto-complétion avec <key>Tab</key>)
</WRAP>

==== Configurez Tomcat ====

* <code><listener><listener-class>php.java.servlet.ContextLoaderListener</listener-class></listener>
<servlet><servlet-name>PhpJavaServlet</servlet-name><servlet-class>php.java.servlet.PhpJavaServlet</servlet-class>
</servlet>
<servlet><servlet-name>PhpCGIServlet</servlet-name><servlet-class>php.java.servlet.fastcgi.FastCGIServlet</servlet-class>
<init-param><param-name>prefer_system_php_exec</param-name><param-value>On</param-value></init-param>
<init-param><param-name>php_include_java</param-name><param-value>Off</param-value></init-param>
</servlet>
<servlet-mapping><servlet-name>PhpJavaServlet</servlet-name><url-pattern>*.phpjavabridge</url-pattern> </servlet-mapping>
<servlet-mapping><servlet-name>PhpCGIServlet</servlet-name><url-pattern>*.php</url-pattern></servlet-mapping></code>

===== Installation =====

Installez java, postgresql (aidez-vous de l’auto-complétion par la touche <key>Tab</key> pour les versions) : 
  * <code>sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
sudo apt-get install openjdk-vx-jdk postgresql phppgadmin -y</code>

===== Téléchargement =====

Téléchargez Tomcat sur [[http://tomcat.apache.org/download-70.cgi]]

{{logiciel:internet:tomcat:tomcat-01.png|}}

Dans **Binary Distributions**/**Core**, choisir le lien **tar.gz**.

Le placer, par exemple, dans le dossier **/home/$USER/Téléchargements**.

<WRAP center round tip 60%>
Pour l'installer sur un Raspberry, le copier via scp vers un répertoire du Raspberry Pi :
  * <code>scp ~/Téléchargements/apache-tomcat-[version].tar.gz pi@framboise:/home/pi</code>
</WRAP>

Téléchargez le logiciel de OpenClinica sur le site : [[https://community.openclinica.com/project/openclinica]].

<WRAP center round tip 60%>
Pour télécharger le logiciel, vous devez avoir un compte utilisateur de la communauté de OpenClinica, à créer gratuitement. Vous devrez vous connecter au compte pour télécharger le logiciel de OpenClinica
</WRAP>

Dé-compressez le fichier **OpenClinica-v.x.y.z.zip** téléchargé -> un répertoire **OpenClinica-v.x.y.z** apparaît.

===== Installez java =====

Créez le lien symbolique :
* <code>sudo ln -s /usr/lib/jvm/jdk* /usr/local/java</code>

Vous pouvez vérifier par :
* <code>ll /usr/local</code>

Le lien doit apparaître.

===== Installez Tomcat =====

Allez dans le répertoire de téléchargement et décompressez l’archive téléchargée :
  * <code>cd /home/$USER/Téléchargements
sudo tar -zxvf apache-tomcat-v.x.y.tar.gz</code>

Un répertoire **apache-tomcat-v.x.y/** apparaît.

Déplacez ce répertoire vers **/usr/local/** et créez le lien **tomcat** :
  * <code>sudo mv apache-tomcat-v.x.y/ /usr/local/
sudo ln -s /usr/local/apache-tomcat-v.x.y /usr/local/tomcat</code>

Créez l'utilisateur **tomcat** avec le mot de passe **tomcat** :
  * <code>sudo adduser tomcat</code>

{{logiciel:internet:tomcat:tomcat-user_tomcat.png|}}

Et rendez-le propriétaire des répertoires de tomcat :
  * <code>cd /usr/local/tomcat
sudo chown -R tomcat:tomcat .
sudo chmod -R 6770 .</code>

Pour pouvoir intervenir sans être root, rendre l'utilisateur **$USER** membre du groupe **tomcat** :
  * <code>sudo usermod -aG tomcat $USER</code>
<WRAP center round important 60%>
Attention à mettre le **-a** : sinon, $USER changera de groupe au lieu d'ajouter tomcat
</WRAP>

Pour définir le mot de passe de l'utilisateur **tomcat**, ouvrez le fichier **/usr/local/tomcat/conf/tomcat-users.xml** en ajoutant ces lignes (entre les balises tomcat-users):

<code - /usr/local/tomcat/conf/tomcat-users.xml>
    ...
    <tomcat-users>
      <role rolename="tomcat"/>
      <role rolename="admin-gui"/>
      <role rolename="manager-gui"/>
      <user username="tomcat" password="tomcat" roles="tomcat,admin-gui,manager-gui"/>
    </tomcat-users>
    ...
</code>

L'utilisateur est **tomcat**, son mot de passe est **tomcat**, ses rôles sont **tomcat**, **admin-gui** et **manager-gui**.

Démarrez le serveur Tomcat:
  * <code>sudo /usr/local/tomcat/bin/startup.sh</code>

Ouvrez dans un navigateur l'adresse 
  * en local : [[http://localhost:8080]]
  * sur internet : [[http://<adresse_du_site>:8080]]

La page de tomcat doit s'afficher :

{{logiciel:internet:tomcat:tomcat-02.png|}}

Pour que tomcat se lance automatiquement à chaque démarrage, recopiez le fichier **~/Téléchargements/OpenClinica-v.x.y.z/install-docs/linux/tomcat** :
  * <code>cd /etc/init.d/
sudo cp ~/Téléchargements/OpenClinica-v.x.y.z/install-docs/linux/tomcat .</code>

Rendez-le exécutable et ajoutez-le à la liste des programmes au démarrage :
  * <code>sudo chmod a+x /etc/init.d/tomcat
sudo update-rc.d tomcat defaults</code>

===== Installez postgresql et phppgadmin =====

Un utilisateur système postgres a été créé à l'installation. Il n'a pas de mot de passe : c'est un utilisateur bloqué et le mieux est qu'il le reste.

<WRAP center round tip 60%>
**__utilisateur postgres__**
Au départ, toutes les opérations d'administration se font donc avec l'utilisateur **postgres** qui seul peut se connecter.

Pour vous connecter en tant qu'utilisateur **postgres**, utilisez la commande sudo :
  * <code>sudo -i -u postgres</code>

L'invite de commande mentionne que vous êtes actif en tant que postgres :

{{logiciel:sql:postgresql:postgresql-2.png|}}

A la fin de cette session d'administration dans PostgreSQL, il suffira de taper
  * <code>exit</code>

pour reprendre la main en tant qu'utilisateur du système.

On peut aussi lancer une commande (ici **psql**) en tant que postgres :
  * <code>sudo -u postgres psql</code>

Dès que cette commande se termine, on se retrouve avec l'utilisateur habituel.
</WRAP>

==== Création d'un nouvel utilisateur pour gérer postgresql ====

Nous allons créer l'utilisateur qui nous permettra de gérer postgresql.

Pour cela, lancez l'outil d'administration de PostgreSQL en tant qu'utilisateur **postgres** :
  * <code>sudo -u postgres psql</code>

{{logiciel:sql:postgresql:postgresql-3.png|}}

Vous êtes dans une interface en ligne de commande, en tant que **root** (**#** en bout de ligne).

Pour créer un environnement plus sûr, créez un rôle pour l'administration, avec toutes les autorisations sauf l'héritage des droits :
  * <code>CREATE ROLE <admin> LOGIN ENCRYPTED PASSWORD '<mot_de_passe>' SUPERUSER NOINHERIT CREATEDB CREATEROLE;</code>
<WRAP center round important 60%>

  ; <admin>
  : nom d'utilisateur
  ; <mot_de_passe>
  : mot de passe

N'oubliez pas le point-virgule en fin de ligne !
</WRAP>
Quittez l'environnement psql :
  * <code>\q</code>

Vérifiez en essayant de vous connecter avec l'utilisateur que vous venez de créer :
  * <code>sudo -i -u postgres</code>

==== Installation de l'interface web PhpPgAdmin ====

Installons maintenant l'interface web **PhpPgAdmin** pour PostgreSQL qui simplifie grandement la mise en place et l'administration.

[[tutoriel:mini-tutoriels:ficedit#Modifier un fichier avec les droits d'administration|Ouvrez avec les droits d'administration]] le fichier **/etc/lighttpd/lighttpd.conf** et ajoutez la ligne suivante à la fin du fichier :
<code - /etc/lighttpd/lighttpd.conf>
...
alias.url += ( "/phppgadmin" => "/usr/share/phppgadmin/")
</code>

L'adresse [[http://monsite.tld/phppgadmin]] pointe maintenant sur le bon répertoire interne.

Dans le fichier **/etc/lighttpd/lighttpd.conf**, assurez-vous que le module **mod_alias** est dé-commenté (donc activé)

et activez les modules **mod_fastcgi** et **mod_cgi** :
  * <code>sudo lighty-enable-mod fastcgi cgi</code>

Redémarrez le serveur :
  * <code>sudo service lighttpd restart</code>

Allez à la page de phpPgAdmin : [[http://monsite.tld/phppgadmin]]

Cliquez sur **PostgreSQL** sur le côté gauche.

Dans la fenêtre de connexion, entrez le nom et le mot de passe de l'utilisateur créé plus haut pour gérer postgresql. Cela devrait vous connecter

{{logiciel:sql:postgresql:postgresql-phppgadmin-1.png|}}

Pour ajouter un rôle (utilisateur)

Cliquez sur **rôles** dans la zone du milieu en haut de la page

Cliquez sur **Créer Rôle**

Créer nom d'utilisateur / mot de passe et donner toutes les autorisations autres que **privilèges Inherits**.

Ignorer les autres options dans les cases à cocher

Cliquez sur **Créer**